气相色谱仪的温度控制系统采用微处理器控制，具有高精度和高可靠性。控温精度可达0.1度或更高，GC112A型号控温精度优于0.05度。系统采用多区域独立控制，如GC126有六路独立控制区域（柱箱、进样器、检测器、辅助器），GC112A有五路独立控制区域（柱箱、进样器、检测器、热导池、辅助器）。

温度控制系统具有自诊断、断电保护、文件存储及调用、极限温度设定等功能。支持程序升温，GC126可实现九阶程序升温，GC112A和GC9160支持五阶程序升温，最大升温速率可达60℃/min。

系统采用智能后开门技术，实现快速升温和冷却，即使在接近室温时也能保持良好控温精度。柱箱具有双重超温保护装置，温度超过设定极限时会停止加热并报告故障。

操作界面采用全中文菜单，3.8英寸大屏幕显示温控设定值、实际值和实时曲线等参数。部分型号支持计算机反控功能，通过USB接口可操作仪器内部所有功能。